Pabaigę pradinę ugdymo programą mokiniai turi apsispręsti, kuriuo mokymosi keliu pasukti pirmajame pagrindinio ugdymo (5–8 klasių) etape. Vitlio licėjuje baigusiems keturias klases suteikiama galimybė tęsti kryptingą ugdymą, o ieškantiems aukštos kokybės tiksliųjų mokslų kviečiama mokytis Vitlio licėjaus Antakalnio padalinyje ir nuo penktos klasės pradėti naują mokslų etapą.
Vitlio licėjuje išskiriamos kelios mokymosi kryptys, kurios pasižymi ypatingu dėmesiu inovatyviam ir įtraukiam mokymuisi. Tai STEAM (gamtos mokslai, technologijos, inžinerija, matematika), inžinerinis ugdymas, tarptautinė Kembridžo programa, kuri Vitlio licėjuje apima tiek pradinio, tiek pagrindinio mokymosi etapus, kryptingas mokinių informacinių technologijų ugdymas bei užsienio kalbų mokymas.
Mokiniams ir jų tėvams itin patogu, kad prieš mokslo metų pradžią suderinamas individualus ugdymo planas – pasirenkami privalomi ir pasirenkamieji dalykai. Tad mokymosi eiga paruošiama atsižvelgiant į vaiko poreikius, smalsumą, motyvaciją mokytis ir individualius gebėjimus. Taip pat privati mokykla Vilniuje mokiniams numato ir individualias konsultacijas visus mokslo metus.
Sudarant individualų planą reikia atkreipti dėmesį, kad pagrindinis ugdymas nuo penktos klasės Vitlio licėjuje sudarytas iš septynių dalykų sričių. Pirmąją sritį sudaro gamtos mokslai, kuriuose privalomi dalykai yra Kembridžo gamtos mokslų programa ir integruoti gamtos mokslai, jungiantys biologiją, chemiją, fiziką bei gamtą ir žmogų. Pasirenkamosiomis pamokomis siūlomos gamtamoksliniai tyrimai, aplinkotyra, aplinkosauga ir medžiagotyra.
Antroji sritis – matematika ir informacinės komunikacinės technologijos (IKT), kur pagrindiniai dalykai yra Lietuvos ir Kembridžo matematikos programos bei informacinės technologijos, o pasirenkamieji – programavimas, IT taikymas, grafinis dizainas ir 3D modeliavimas.
Trečioji sritis skirta inžinerijai. Čia jungiami tokie privalomieji dalykai kaip inžinerija ir pusmetį trunkantis projektinis inžinerinės krypties darbas bei pasirenkamieji – mechatronika, robotika medijų inžinerija, elektronika, drabužių modeliavimas ir dizainas.
Ketvirtojoje srityje mokoma socialinio ugdymo dalykų – istorijos, geografijos ir dorinio ugdymo, į kuriuos integruojama Kembridžo „Global perspectives“ programa. Taip pat mokiniai gali pasirinkti ir ekonomikos bei verslumo pradmenis.
Penktoji sritis – meninis ugdymas. Čia pagrindinis dėmesys skiriamas dailei ir muzikai, o iš pasirenkamųjų dalykų siūlomi teatras ir šokis.
Šeštoji sritis – kalbos. Čia lietuvių ir anglų yra pagrindinės, taip pat mokiniai turi galimybę pasirinkti, kokios antrosios užsienio kalbos norėtų mokytis – vokiečių, rusų ar prancūzų. Trečiąja pasirenkama užsienio kalba siūloma ispanų.
